1．我国农村情况千差万别，经济发展水平不同，面临的矛盾和问题很多。农村综合改革需要解决好基层政府职能转变、机构精简、富余人员出路等问题；需要调整国民收入分配格局和城乡利益关系，促进公共资源在城乡之间合理配置；需要农村干部转变旧的工作方式，处理好与农民群众的关系，善于在发展市场经济和民主政治的条件下与农民打交道。
2．农村综合改革的目标是，按照巩固农村税费改革成果和完善社会主义市场经济体制的要求，推进乡镇机构、农村义务教育和县乡财政管理体制改革，建立精干高效的农村行政管理体制和运行机制、覆盖城乡的公共财政制度、政府保障的农村义务教育体制，促进农民减负增收和农村公益事业发展，全面推进社会主义新农村建设。
农村综合改革要在试点基础上全面推进。有条件的地方要在全省范围内开展试点，暂不具备条件的省份要进一步扩大市、县试点范围，力争五年或更长一点的时间基本完成乡镇机构、农村义务教育和县乡财政管理体制这三项改革任务。
3．集中力量、重点推进。从今年起，我们在全国农村彻底取消了农业税，中国历史上存在了两千多年的这个古老税种已经终结，这件事具有重大而深远的意义。农业税的取消，标志着我国农村改革进入了一个新的阶段，这就是以乡镇机构、农村义务教育和县乡财政管理体制改革为主要内容的综合改革阶段。但要从理论和实践上真正解决其问题，还有很长的路要走，需要不断探索。
一、以转变政府职能为重点，推进乡镇机构改革。
乡镇机构改革的核心是转变政府职能。考虑乡镇政府职能问题，要从农村工作的现实状况出发，从农民群众的愿望出发，从社会主义市场经济条件下建立公共行政体制的要求出发。
重点强化三个方面的职能：（一）是为农村经济发展创造环境，包括稳定农村基本经营制度，维护农民的市场主体地位和权益，加强对农村市场的监管，组织农村基础设施建设，完善农业社会化服务体系。（二）是为农民提供更多的公共服务，加快农村教育、卫生、文化、体育、环境保护等社会事业发展。（三）是为农村构建和谐社会创造条件，加强社会管理中的薄弱环节，开展农村扶贫和社会救助，化解农村社会矛盾，保持农村社会稳定。
合理调整乡镇政府机构，改革和整合乡镇事业站所，精简富余人员，是乡镇机构改革的重要内容，必须积极稳妥地推进。要根据职能定编定岗定员，按照公开公正公平的原则竞争上岗。在人员精简过程中，要关心爱护乡镇干部，妥善安置分流人员，充分发挥他们的特长和积极性，不能简单推向社会。上级部门要大力支持基层改革，不得以机构“上下对口”，或用项目安排、资金分配、年终考核等手段，干预乡镇机构设置和人员配备，为基层改革创造好的环境。
二、以落实教育经费保障机制为重点，推进农村义务教育改革。
要贯彻把义务教育工作的重点放在农村的方针，通过改革农村义务教育体制，保障办学经费，提高教育质量，促进教育公平，加快农村义务教育发展，实现让每一个农村孩子都有学上、都能上得起学的目标。当前，推进农村义务教育改革要从两个方面展开：
（一）是全面推进农村义务教育经费保障机制改革。农村税费改革以来，中央对农村义务教育体制进行了调整，逐步将农村义务教育全面纳入公共财政保障范围。这项改革既明显减轻了农民的负担，又有效保证了学校的正常运转，为农村义务教育注入了新的活力，可见，必须建立和完善政府投入办学、各级责任明确、财政分级负担、经费稳定增长的农村义务教育经费保障机制。各级财政都要增加对农村义务教育的投入，不断提高农村义务教育经费保障水平。
（二）是加快教育部门自身改革。我们在增加教育投入的同时，更要重视提高办学水平和教育质量。第一，深化教育人事制度改革，切实加强农村教师队伍建设。第二，合理配置城乡教育资源，逐步缩小城乡之间义务教育发展差距。第三，合理调整农村中小学布局，提高农村义务教育办学质量。
三、以增强基层财政保障能力为重点，推进县乡财政管理体制改革。
另外，要不断增加对农业和农村的投入。财政新增教育、卫生、文化等事业经费主要用于农村，国家基本建设资金增量主要用于农村，政府征用土地收益用于农村的比例要有明显增加，保持农村公共基础设施、社会事业发展和农民生活环境改善等方面的投入不断增长。同时，进一步加大支农资金整合力度，提高资金使用效益。
要进一步完善转移支付制度。增加一般性转移支付，规范专项补助。中央和地方财政给基层的税费改革转移支付和公务员工资改革、发展农村教育等补助一定要落实到位，不能把支出缺口留给乡镇一级。
要继续进行“省直管县”财政管理体制和“乡财县管乡用”财政管理方式改革试点。同时，要研究进一步理顺省以下财政分配关系，完善省以下财政体制，努力改善县乡财政困难状况。
乡村债务是摆在基层政府面前的一个现实问题。乡村债务是长期历史形成的，原因也是多方面的，要摸清底数，明确责任，分类处理，逐步化解。当前关键是锁定旧债，防止出现新的债务。要从农民群众和乡村干部最关心、矛盾最集中的债务着手，逐项突破，优先化解农村义务教育负债。
农村其他方面的改革，也要统筹考虑。乡镇机构、农村义务教育和县乡财政管理体制三项改革，直接关系到巩固税费改革成果和改革农村上层建筑，必须集中力量、重点推进。
